攻打基地需要根据敌方防御设施的特点选择合适的舰船。战列巡洋舰和航空母舰是攻打高等级基地的核心力量，但需注意其高指挥值消耗和建造成本。战列巡洋舰如新君士坦丁大帝级具有强大的对舰火力，适合针对敌方重型防御设施；航空母舰则依靠舰载机提供持续输出，但需搭配防空舰船保护。
护卫舰和驱逐舰在前期攻打低级基地时性价比更高。红宝石级、澄海级护卫舰消耗资源少且机动性强，适合快速清理外围防御；斗牛级驱逐舰搭载能量武器可无视护甲，对装甲型目标效果显著。需注意驱逐舰对巡洋舰以上单位存在命中惩罚，建议优先升级其命中相关技术。
舰船搭配需考虑火力均衡与指挥值分配。巡洋舰如卡里斯托级能填补中排输出空缺，其高单发伤害可有效压制敌方巡洋舰编队；苔原级支援舰则提供维修保障，延长舰队持续作战能力。每400指挥值上限内应保持30%前排防御、40%中排输出、30%后排火力的基础配比。
攻打基地前需通过扫描获取敌方防御配置。若发现敌方以舰载机为主力，应优先编入米斯特拉等防空型护卫舰；面对战巡为核心的防御则需配置刺水母级等针对大型舰船的特化舰艇。封锁指令可分割敌方增援舰队，创造局部优势。
