通关口袋妖怪火红主线剧情并完成七岛任务后，玩家将解锁一系列全新的挑战内容。首先需要确保已收集60种以上宝可梦图鉴，大木博士会将图鉴升级为全国图鉴，这是开启后续内容的关键前提。升级后前往枯叶市码头乘船返回一号岛屿，与PC屋右侧的博士对话可获得船票和地图升级，随后在火烈山山洞深处取得红宝石并交给博士，即可解锁前往四号岛屿的权限。这一系列操作将正式开启二周目的核心玩法。
完成图鉴升级后，玩家可以前往华蓝市左侧原先被封锁的洞穴，这里将开放超梦的捕捉挑战。作为游戏中最强的传说宝可梦，超梦等级高达70级且拥有极强的特殊攻击能力，需要精心准备克制阵容才能成功收服。同时各岛屿分布着火焰鸟、急冻鸟、闪电鸟等传说宝可梦，它们的出现位置包括灯火山的山洞、双子岛以及无人发电所等地，这些神兽的等级普遍在50级以上，捕捉前需备足高级球和状态异常道具。
七岛区域还隐藏着训练师塔等高难度对战设施，其中的对手均配备完全进化的强力宝可梦，战术组合也更为复杂。通过挑战这些设施不仅能检验队伍强度，还可获得稀有道具奖励。游戏会根据初始选择的御三家种类，在关东大陆随机出现对应的城都三圣兽之一——选择小火龙会遭遇水君，妙蛙种子对应炎帝，杰尼龟则引出雷公，这些宝可梦会在地图中随机游走，需要耐心寻找才能触发战斗。
最后在五号岛屿的仓库区域，玩家需要解开包含迷宫走法和密码输入的复合型谜题，通过上、左、右、下的特定路线获取蓝宝石并击败看守的火箭队成员。该区域还包含需要推石解谜的变化洞窟，成功通过后可捕捉未知图腾等特殊宝可梦。这些新增内容不仅延续了游戏的可探索性，也为追求全图鉴的玩家提供了完整的收集体验。
