舰队阵型的编排是无尽的拉格朗日战斗系统的核心，直接影响战斗效率和生存能力。一支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，升级基地后可提升至400。舰船在舰队中的位置分为前排、中排和后排，系统会根据舰船蓝图中的定位自动分配站位，无法手动调整。敌方舰船会优先攻击前排，其次中排，最后后排，因此前排需要配置防御型舰船吸收伤害，中后排则部署输出或支援型舰船。
防御能力强的舰船如奇美拉级或ST59应置于前排，承担主要伤害；中排适合部署红宝石离子炮型或枪骑兵等均衡型舰船；后排则优先选择卡利斯托鱼雷型或载机舰等高输出单位。若舰队中缺乏足够的前排防御，可通过增援指令补充高耐久舰船，但需注意增援会改变舰队移动方式，曲速航行将转为普通航行。
移动速度是舰队编排的次要但不可忽视的因素。舰队整体速度由最慢的舰船决定，低速舰船过多会拖累战术执行。高速护卫舰适合组成机动编队执行包夹或侦察任务，而低速战巡或航母更适合作为主力舰队核心。编组时应避免将速度差异过大的舰船混编，否则会削弱战术灵活性。
实战中需根据敌方配置动态调整舰队结构。若敌方以舰载机为主，需增加防空型舰船如光锥防空型；若敌方侧重高爆发的实弹武器，则应强化前排护甲或闪避属性。维修舰船在后期战斗中效果有限，通常不建议编入主力舰队，但可保留于二线队伍用于战后快速修复。
舰队命名虽不影响性能，但具有战术价值。将主力舰队命名为炮灰舰队或使用其他误导性名称可迷惑对手，尤其在PVP中能扰乱敌方判断。清晰的命名便于管理多支舰队，快速定位执行特定任务的编队。
最终编排需平衡防御、输出、速度与战术目标，通过蓝图强化和实战测试不断优化。舰队的最大潜能取决于指挥者对舰船特性与战场环境的综合把控，而非单一模板化配置。
